El eeprom_clear olvídate. Es para borrar la eeprom interna del arduino, y en tu caso no sirve porque tanto el programa como el bootloader están en la flash... Lo raro es que al cargar otro programa no ...
En esta entrada os voy a introducir el programa 123D circuits, un software basado en la web que sirve para simular programas de Arduino. Requiere tener una cuenta en el sitio web circuits.io (la cuál ...